按照有關規定，基本醫療保險不予支付費用的診療項目共五類。
第一類是服務項目類：掛號費、院外會診費，病歷工本費等；出診費、檢查治療加急費、點名手術附加費、優質優價費、自請特別護士等特需醫療服務。
第二類是非疾病治療項目類：各種美容、健美項目以及非功能性整容、矯型手術等；各種減肥、增胖、增高項目；各種健康體檢；各種預防、保健性的診療項目；各種醫療咨詢、醫療鑒定。
第三類是診療設備及醫用材料類：應用正電子發射斷層掃描裝置（PET）、電子束CT、眼科準分子激光治療儀等大型醫療設備進行的檢查、治療項目。眼鏡、義齒、義眼、義肢、助聽器等康復性器具。各種自用的保健、按摩、檢查和治療器械。各省物價部門規定不可單獨收費的一次性醫用材料。
第四類是治療項目類：各類器官或組織移植的器官源或組織源；除腎臟、心臟瓣膜、角膜、皮膚、血管、骨、骨髓移植外的其他器官或組織移植；近視眼矯形術；氣功療法、音樂療法、保健性的營養療法、磁療等輔助性治療項目。
第五類是其他類：各種不育（孕）癥、性功能障礙的診療項目；各種科研性、臨床驗證性的診療項目。
此外，基本醫療保險不予支付的費用還有：就（轉）診交通費、急救車費；空調費、電視費、電話費、嬰兒保溫箱費、食品保溫箱費、電爐費、電冰箱費及損壞公物賠償費；陪護費、護工費、洗理費、門診煎藥費；膳食費；文娛活動費及其他特需生活服務費用。
醫改后患者就醫發生上述各類項目費用要自付。而如果進行的是下面的治療項目，就可以由基本醫療保險支付部分費用。
第一類：應用X－射線計算機體層攝影裝置（CT）、立體定向放射裝置（伽馬刀、X-刀）、心臟及血管造影X線機（含數字減影設備）、核磁共振成像裝置（MRI）、單光子發射電子計算機掃描裝置（SPECT）、彩色多普勒儀、醫療直線加速器等大型醫療設備進行的檢查、治療項目。體外震波碎石與高壓氧治療。心臟起搏器、人工關節、人工晶體、血管支架等體內置換的人工器官、體內置放材料。各省物價部門規定的可單獨收費的一次性醫用材料。
第二類：血液透析、腹膜透析；腎臟、心臟瓣膜、角膜、皮膚、血管、骨、骨髓移植；心臟激光打孔、抗腫瘤細胞免疫療法和快中子治療項目。
此外，住院床位費及門（急）診留觀床位費、各省勞動保障部門規定的價格昂貴的醫療儀器與設備的檢查、治療項目和醫用材料也可由醫療保險支付部分費用。
